Pour revenir aux questions initiale (tout ce que je vais dire est dit dans la série, apart pour ce qui est entre parenthèse qui peut venir des films (sauf rebuild car l'histoire est différente), livres, jeux vidéos etc):
- c'est qui adam ?
C'est une création de l'homme (enfin plutôt du premier peuple ayant peuplé la Terre) fait à l'image de Dieu.
Qui fusionne ensuite avec la main de Gendo.
- Lilith ?
(Dans la Bible hébraïque il s'agit de la première femme d'Adam qui sera ensuite remplacée par Eve.)
Le premier ange, issue d'Adam, à l'origine des autres anges dont l'espèce humaine, oui les humains sont des anges appelés lilin ce qui signifie progéniture de lilith.
Je précise pour ceux qui ne voient pas qui c'est : c'est le gros truc blanc pendue à une croix dans le sous sol avec une lance planté que shinji a envoyé dans l'espace.
- comment ont été choisis les enfants ?
C'est dit explicitement dans l'anime que l'école n'est qu'une façade et que tout les enfants qui s'y trouvent ne sont que de potentiels pilotes d'Eva, par contre j'ai oublié le nom de ce programme secret.
- Pourquoi la mère de shinji est morte ?
Un accident avec l'eva 1 c'est littéralement montré dans l'anime en image et dit à plusieurs reprises.
Mais en réalité elle n'est pas morte, elle est l'Arbre de la vie. Arbre de la vie qui apparaît littéralement au début de chaque générique.
L'eva 1 contient l'âme de Yui comme c'est insinué tout le long de la série comme quand shinji se sent comme dans un placenta, le fait qu'il ait un taux de synchronisation aussi élevé etc ; puis dit explicitement à la fin quand on découvre la vraie nature des eva.
- Il se passe quoi bordel de merde dans les deux derniers épisodes ?
C'est le projet de complémentarité de l'homme qui est mis en place. Tout les AT Field sont détruit, l'AT Field est ce qui préserve et protège l'individualité de chacun. Toute l'humanité a fusionné, ce qui était le but de la NERV depuis le départ qui est mentionné plein de fois dans la série et est annoncé par Gendo Ikari à la fin de l'épisode 24, qui précède donc les deux derniers épisodes, il faudrait être plus attentif quand même ;).
L'humanité ayant fusionné plus rien n'empêche les humains de connaître la pensée et les secrets des autres, et donc de se comprendre. Grâce à cela Shinji arrive à s'aimer lui même et à s'ouvrir aux autres, et les autres perso règlent aussi leur problème ainsi (car le vrai fond d'evangelion ce n'est pas son lore mais la dépression des personnages inspiré de la dépression de l'auteur).
- shinji est mort ?
Non comme dit dans la réponse précédente, à moins de considérer que tout le monde est mort mais a ensuite été ressuscité.
- Le second impact c'était quoi en fait ?
1 Le gouvernement fait croire que c'était une météorite.
2 Ensuite l'anime fait croire que c'était la SEEL qui a accidentellement réveillé Adam en le mettant en contact avec un ange alors qu'il était un géant pétrifié en Antarctique. L'anime nous fait confondre Adam et Lilith.
3 En réalité c'est le conseil qui dirige la SEEL qui a provoquée volontairement le second impact, conformément à ce qui est écrit dans les manuscrits (extraterrestres) retrouvés en mer morte, dit "manuscrits de la mer morte" qui leur sert de marche à suivre et de texte religieux. Leur but est ensuite de provoqué un troisième impacte.
- Pourquoi gendo est un immense fdp ?
Gendo est obsédé par le fait de revoir sa femme Yui en rejoignant l'arbre de la vie, il y a même un dessin de l'arbre de la vie sur le plafond de son bureau (dans le film the end of evangelion/episode 27 il explique qu'il a abandonné shinji enfant car il lui fait du mal, et donc que shinji serait plus heureux sans lui).
FIN
Le Film the end of evangelion (que personnellement n'arrive pas à prendre au sérieux et trouve malsain, il m'a fait beaucoup rire en tout cas) avec sa fin alternative où shinji annule le projet de complémentarité de l'Homme, même si ce film c'est juste une accumulation de fan service (sesske, violence, troisième impacte etc) fait sur demande d'otakus pas satisfaits d'un fin qui était pourtant convenu de longue date. Le film a le mérite de rendre explicite certains éléments qui étaient implicite ou inexpliqués, et aide donc à la compréhension.
Mais la majorité de ce qu'il apporte c'est une compréhension du lore (dans ce cas là autant lire directement la bible), hors pour moi le vrai fond c'est bien les émotions des personnages et le dilemme du hérisson (même si j'apprécie fortement le lore).