Le 6 décembre 2006, il déclare sur RMC, à propos de son éventuelle sélection pour l'équipe d'Algérie : « C'est le pays de mes parents, c’est dans le cœur. Mais bon après sportivement, c'est vrai que je jouerai en équipe de France. Je serai là toujours présent pour l'équipe de France. » puis « C'est plus pour le côté sportif, parce que l’Algérie c'est mon pays, voilà, mes parents ils viennent de là-bas. Après, la France… C'est plus sportif, voilà. ». Par ailleurs, il a toujours refusé de chanter La Marseillaise avant chaque rencontre à cause des paroles guerrières de l'hymne.
En 2010, Karim Benzema est cité dans l'affaire Zahia, une affaire de proxénétisme de mineures ayant fait grand bruit dans le monde du football. Avec son coéquipier en Bleu Franck Ribéry, il est mis en examen le 20 juillet 2010 pour « sollicitation de prostituée mineure » mais nie toute implication dans cette affaire. En novembre 2011, le parquet de Paris requiert un non-lieu mais en août 2012, le juge ordonne le renvoi devant le tribunal correctionnel. Le 30 janvier 2014, Karim Benzema est relaxé par le tribunal correctionnel de Paris pour sollicitation de prostituée mineure
Le 21 novembre 2015, peu avant le début du match Real Madrid-FC Barcelone au stade Santiago-Bernabéu, la Marseillaise est jouée en hommage aux victimes des attentats djihadistes survenus à Paris huit jours plus tôt qui ont fait des centaines de morts et de blessés. Après la fin de l'hymne français, Karim Benzema est filmé en train de cracher sur le terrain. Une polémique éclate et de nombreuses personnalités de droite et d'extrême-droite réclament son bannissement de l'équipe de France. Le 23 novembre suivant, Karim Benzema s'exprime par le biais de son avocat, Me Jakubowicz. Le communiqué indique que le joueur est « extrêmement choqué de l'interprétation qui est donnée à cet acte, en général anodin, pratiqué par tous les footballeurs du monde », qu'il reconnaît qu'il n'aurait pas dû cracher à ce moment-là mais « conteste avec fermeté l'interprétation scandaleuse auquel il donne lieu » et rappelle qu'il a « manifesté sa totale empathie à l'égard des victimes des attentats [...] sur ses comptes Twitter et Instagram ». Malgré cette mise au point, le boxeur Patrice Quarteron, se disant patriote, critique violemment Benzema sur les plateaux télé et les réseaux sociaux à plusieurs reprises, l'accusant d'avoir « craché sur la Marseillaise » et de « s'inventer une vie de gangster » alors qu'il n'aurait « jamais vécu en cité »180.
En mai 2016, il apparaît dans le clip Walabok du rappeur Booba, ce qui suscite une controverse dans la presse espagnole à cause de l'univers gangster de ce clip.
Non sélectionné en équipe de France depuis l'affaire de la sex-tape, Karim Benzema n'est pas retenu dans la liste des 23 joueurs établie par Didier Deschamps en vue du Euro 2016 en France. Son contrôle judiciaire pourtant partiellement levé, il aurait pu prétendre à une sélection puisqu'il était de nouveau sélectionnable. Selon l'ancien joueur Éric Cantona, cette absence et celle d'Hatem Ben Arfa seraient dues à leurs origines nord-africaines. Le 1er juin 2016, Karim Benzema est interviewé par le journal espagnol Marca et revient sur les déclarations de Cantona. L'attaquant madrilène dit ne pas penser que Didier Deschamps soit raciste mais qu'il « a cédé à une partie raciste de la France ». Ces propos à neuf jours de cet Euro à domicile suscitent la polémique et l'indignation, que ce soit dans les médias ou la classe politique. Dominique Sopo, président de SOS Racisme qualifie Karim Benzema d'égoïste s'intéressant au racisme uniquement « lorsque son cas personnel est engagé ».
Le 18 octobre 2018, des proches de Karim Benzema sont soupçonnés d'être impliqués dans une tentative d'enlèvement. Le 13 novembre 2018, trois de ses proches sont placés en garde à vue puis deux d'entre-eux sont mis en examen pour « tentative d'enlèvement et d'extorsion ».
