AntoineForum130
2022-04-06 17:43:33
Malformation osseuse au coude, bras gauche
Photo : https://i.ibb.co/w0hCDHM/radio.jpg
✔️ Mutation causale de la malformation trouvée suite au séquençage complet de mon génome, lien fortement possible mais non confirmé avec :
Retard de croissance intra-utérin
Retard global de développement (motricité / motricité fine etc.) / troubles neurodéveloppementaux persistants, notamment
=> Bégaiement tonico-clonique
=> Dysarthrie
=> Tics complexes
Insomnies totales (passer plus de 12h dans le lit sans dormir voir parfois plus)
Des médecins pensaient que j'étais sourd quand j'étais petit (j'ai failli me faire opérer avec sa merde avant que mes parents ne se rendent compte que ce n'était pas le cas)
J'ai failli ne pas parler (selon mes parents)
... et plein d'autres choses
- Des études knock-out sur le gène chez des animaux ont montré que son inactivation pouvait induire, en plus de malformations osseuses et cardiaques, des anomalies dans la différenciation des cellules neuronales du système nerveux central et périphérique
- Alors que le sujet principal des études concernant les malformations osseuses ou cardiaques, des anomalies neurodéveloppementales similaires aux miennes ont fréquemment été signalés et une étude a montré (avec un groupe contrôle) que chez les porteurs de mutations pathogéniques sur ce gène, ces cas étaient significativement plus haut (avec notamment des "troubles sensoriels")
IRM (4) : normal
CT-scan (1) : normal
EEG (0) : pas fait à l'époque car j'avais peur (je devais avoir 9 ans)
Caryotype sur +100 cellules : normal (46, XY)
CGH Array : normal
Concernant les anomalies neurodéveloppementales, il y a des cas intéressants du côté de la famille de ma mère dont j'ai hérité du gène responsable à minima de la malformation, dont un plutôt sévèrement touché et qui fait de l'épilepsie, c'est aussi une piste qui pourrait être étudiée
Concernant les malformations cardiaques (dont j'estime, à partir des études dans des familles, le risque à 7% par individu), j'ai tout vérifié, il n'y en a aucune chez moi (écho doppler : normal ; ECG : normal ; aorte thoracique : pas d'anévrisme)
Mon frère, d'apparence normale, a aussi découvert fortuitement une malformation des os du carpe pendant une radio pour autre chose (quand il s'était pété le bras au collège)
Concernant les études sur les malformations, les hommes semblent plus touchés que les femmes (5:1) et quand elles le sont, moins sévèrement
Liste des diagnostics précédemment envisagés et invalidés, soit par CGH array, soit par caryotype (Klinefelter) :
- Syndrome de Klinefelter avec mosaïcisme (environ 10% des gens avec la même malformation ont ce syndrome ou une autre aneuploïdie tel que 49,XXXXY, avec ou sans mosaïcisme, d'où la vérification nécessaire)
- Syndrome de microduplication 7q11.23
- Duplication 22q11.2
- Duplication 16p11.2
- Microdeletion 16p11.2
- Microdeleton 15q13.3
Suite au séquençage complet du génome (NGS / séquençage shotgun), aucun variant structurel n'a été détecté, confirmant les résultats négatifs. Par ailleurs, concernant le gène responsable de la malformation, il faudrait peut-être encore plusieurs mois ou années avant de pouvoir affirmer avec certitude que la mutation est aussi responsable du reste du phénotype, nécessitant d'autres études fonctionnelles sur des vertébrés et des études classiques qui approfondiront ces aspects.
AntoineForum130
2022-04-06 17:43:44
J'envisage de faire passer l'entièreté de mon génome en "open source" sur le forum
Cependant, un accès brut aux fichiers poserait inévitablement un problème d'anonymat (à cause de la potentielle conversion des données vers un format exploitable par des plateformes de recherche généalogique), ce qui entrerait en contradiction avec l'esprit du forum, donc j'envisage plutôt de donner un accès limité sur-demande avec une plateforme très simple, ce qui est toujours mieux que rien
Par exemple, demande d'analyser une liste de variants, renvoyer le résultat à une position précise sur le génome, renvoyer la liste des variants sur un ou deux gènes d'intérêt...
Vous en pensez quoi ?
AntoineForum130
2022-04-06 17:43:59
Exceptionnellement, le génome pourrait être publié en entier à un tiers du forum s'il y a un réel intérêt (fichiers FASTQ, BAM et VCF)
Les fichiers bruts de sortie de la machine de séquençage sont les plus lourds (FASTQ), le BAM fait plus de 200 GO (ce fichier contient les alignements) et le VCF beaucoup moins (il contient la liste de 4,8 millions de variants par rapport au GRCh38, mais pas les alignements, ce qui n'est donc pas adapté à la détection de variants structuraux, contrairement au fichier BAM)
Les trois types de fichiers réunis font plus de 1 TO