[410] Stratégie vaccinale : une analyse COMPARATIVE (pourrait vous surprendre)

J'avais posté il y a deux jours une comparaison de l'évolution des pays entre 2020 et 2021 selon le taux de vaccination.
Je reviens aujourd'hui avec une analyse plus poussée, attention soyez readyhttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/49/6/1639220751-paz-quantique-tison.jpg

Voilà comment on va procéder:
J'ai défini deux périodes fixes, d'Avril à Décembre, en 2020 et en 2021. Comme ceci (exemple de la France):https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640897074-preambule.png
La période débute en Avril car c'est le moins où la pandémie s'est généralisée

Ainsi durant la Période 1, aucun pays n'avait entamé de vaccination (sauf Israël pendant une semaine mais osef) : cette période nous servira de témoin.
En revanche durant la Période 2, les pays ont fait face à l'épidémie avec des taux de vaccination très différentshttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg
Ce qu'on va essayer de mettre en exergue, c'est comment la pandémie a évolué dans chaque pays par rapport à lui-même en 2020 et selon son taux de vaccination actuel.
Le taux de vaccination actuel (au 30 Décembre 2021) sert ici d'indicateur pour CLASSER les pays selon leur taux de vaccination pendant la Période 2.
Je rappelle qu'il s'agit d'une analyse GLOBALE COMPARATIVE.https://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg
L'idée est de mettre en évidence des TENDANCES GLOBALES, pas de quantifier l'efficacité d'une mesure ou de comparer des pays individuellement.
Je pourrais développer ce point plus tard en cas de besoin

Bon, vous êtes un minimum ready, alors allons-y quoi:https://image.noelshack.com/fichiers/2021/48/4/1638465141-243821-full-copy.png
On commence doucement avec le cas de la France:
En 2020, la France a compté 39,3k cas/millions d'habitants contre 77,6k cas/millions d'habitants, ce qui nous donne un rapport de: 77587/39282 = x1.97https://image.noelshack.com/fichiers/2018/10/2/1520362340-lembrouille11.png
On la place ici :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899200-fig1-personnalise.png
On peut faire pareil avec les pays voisins :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899248-fig2-personnalise.png
Puis avec tous les pays du monde :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899248-fig3-personnalise.png
Merde on commence à plus rien y voirhttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/05/1485991738-risitas3.png
Pas de panique, les mathématiques nous offrent un outil formidable: l'échelle semi-logarithmiquehttps://image.noelshack.com/fichiers/2019/22/5/1559256008-marsu.png
Ca va nous permettre par exemple de mettre à la même échelle, les pays qui ont fait x10 avec ceux qui ont fait ÷10https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899248-fig4-personnalise.png
Bon, c'est un peu mieux, on peut voir également que les pays situés sous le trait rouge sont ceux ayant eu moins de cas en 2021 qu'en 2020 (y'en a peu)
Poursuivons. Il est temps maintenant d'ordonner tous ces pays sur l'axe horizontal selon le taux de vaccination pendant la Période 2 (on a pris le taux de vaccination actuel comme indicateur).
Voilà tous les pays avec uniquement les pays d'Europe étiquetés :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899495-fig5-1-personnalise.png
Avant d'aller plus loin, une petite remarque, on voit une grosse poignée de pays avec des ratios très élevés :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899495-fig5-2-personnalise.png
x300, x500 voire x3000. On pourrait croire qu'il y a eu une explosion folle de cashttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/07/1487018959-1472470603-risitas11-copie-copie-2.png
En réalité c'est bien plus simple, ce sont tous des pays qui n'ont quasiment pas eu d'épidémie en 2020, et qui ont donc un ratio énorme avec une épidémie "banale" en 2021. Exemple, le Vietnamhttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899495-fig5-4-personnalise.pngou le Bruneïhttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899495-fig5-3-personnalise.png

Pour la suite, j'ai donc fixé une jauge à 500cas/millions d'habitants comme la limite minimum pour considérer qu'il y a eu une épidémie en 2020.
Ces pays seront donc exclus de l'analyse tels des Célestins et indiqués par une croix comme ceci :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899495-fig6-personnalise.png
On remarque au passage que tous les pays qui ont gardé très peu de cas en 2020 ET en 2021 ont une caractéristique commune, je vous laisse trouver par vous-même, c'est pas le sujet icihttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/17/1493056724-issou-em2.png

Bref poursuivonshttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg
Maintenant passons à la pondération par la population, ça veut simplement dire de faire des points plus ou moins gros selon la population :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640899495-fig7-personnalise.png
Les points sur le graphique ne sont pas à l'échelle bien sûren (log10(pop)/3)^6https://image.noelshack.com/fichiers/2019/22/5/1559256008-marsu.png, pour que ça reste visible, mais pour la suite nous utiliserons les vraies valeurs dans nos calculs (j'y reviendrai)

Bon, eh ben c'est pas glorieux pour la team vaccination pour le nombre de cas. Cependant on m'avait suggéré sur le topic précédent de prendre en compte le fait que le vaccin pourrait se substituer aux mesures de restriction. Plus on est vacciné, plus il y a un relâchement au niveau des mesures sanitaires, ce qui pourrait expliquer qu'il n'y ait pas d'effet visible au total sur le nombre de cas.

Dans la base de données, on trouve un indicateur, stringency_index, qui indique le niveau de restrictions sanitaires mis en place par le pays :

Government Response Stringency Index: composite measure based on 9 response indicators including school closures, workplace closures, and travel bans, rescaled to a value from 0 to 100 (100 = strictest response)

Pour le prendre en compte, j'ai mis en échelle de couleur l'évolution des mesures entre 2020 et 2021 :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640901406-fig8-1-personnalise.png
Malheureusement, la tendance va à l'opposé de l'hypothèse établie, c'est-à-dire que plus un pays est vacciné, moins il a tendance à assouplir les mesures sanitaires, voire de les renforcer (on remarque un gradient global du vert vers le jaune quand on regarde les pays de gauche à droite)
En fait il semble plutôt que les mesures soient prises en réponse aux flambées épidémiques, mais qu'elles soit du coup pas très utileshttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/20/1494968374-pas-de-chance.png
Passons à la suite pour l'instanthttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

A partir de là, certains pourraient me dire : "Ouii mais c'est normal, les pays les plus vaccinés sont les pays riches, donc ceux qui testent le plus et qui détectent donc plus de cas". Sauf que, encore une fois, c'est une évolution relative qu'on mesure: les pays qui testent beaucoup en 2021 ont aussi beaucoup testé en 2020, et donc en proportion d'une année sur l'autre, il n'y a pas de corrélation entre la richesse du pays et l'évolution du nombre de test(encore que si on veut en chercher une elle est plutôt dans l'autre sens)
MAIS SOIT, on peut tout de même vérifier tout ceci en remplaçant le nombre de cas par le taux de positivité (% de cas positif parmi les testés)
On obtient ce graphe :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640901406-fig8-3-personnalise.png
Il y a un peu moins de données car moins de pays fournissent cette donnée, mais la tendance observée sur le nombre de cas semble être confirmée.https://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

Et enfin, plus encourageant, on peut également répéter l'analyse pour le nombre de morts :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640901406-fig8-2-personnalise.png
Cette fois ça a l'air de descendre légèrement, ce qui est plutôt rassurant car c'est ce qu'on devrait s'attendre à observe, et qu'on n'observe pas pour le nombre de cas.
Attention cependant à ne pas se faire piéger par l'échelle semi-logarithmique, pour cela on va essayer de quantifier cette tendance de manière un peu plus précise: on va appliquer une régression exponentielle, pondérée par la population de chaque pays, et en excluant les pays qu'on avait marqué d'une croix (souvenez-vous)

Je vous passe les détails ici, voici les résultats obtenus sur les 3 analyses précédentes:https://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg
https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640939208-new-cases-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640939208-positivity-rate-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640939208-deaths-personnalise.png

Ca colle plutôt bien aux données !https://image.noelshack.com/fichiers/2019/22/5/1559256008-marsu.png

• Nouveaux cas: exp(0.00556*x + 0.495)
• Taux de positivité: exp(0.00229*x - 0.232)
• Morts : exp(-0.0103*x + 1.037)

• Nouveaux cas: +5% de cas tous les 10% de vaccination en plus(+5% par rapport au nombre de cas avec 10% de vaccination en moins)
• Taux de positivité: +2,5% tous les 10% de vaccination en plus(pareil, pas +2,5% en brut, mais c'est le taux qui augment de 2,5%. Par exemple si on était à 10%, on passe à 10,25%
• Morts : -10% tous les 10% de vaccination en plusidem

J'ai regroupé également les résultats continents par continent, le cas de l'Europe est plutôt intéressant:
Pour les nouveaux cas :
https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-europe-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-north-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-south-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-africa-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-asia-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-oceania-personnalise.png
Pour le taux de positivité :
https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-europe-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-north-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-south-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-africa-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-asia-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-oceania-personnalise.png
Pour les morts :
https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-europe-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-north-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-south-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-africa-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-asia-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-oceania-personnalise.png

Mais alors au final, que peut-on CONCLURE de tout ça ?https://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

Peut-on vraiment dire que la vaccination réduit le nombre de décès en même temps qu'elle augmente le nombre de cas, au global dans la population ?
Pour ma part je suis assez confiant pour dire que oui . Je m'expliquehttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

Premièrement les tendances observées semblent correspondre avec les hypothèses qu'on pouvait établir a priori. En effet, avec la même méthode d'analyse , on observe une tendance opposée entre le nombre de cas et de morts, mais également en parallèle une tendance similaire entre le nombre de cas et le taux de positivité. Je n'ai pas orienté la sélection des données pour faire ressortir des tendances particulières, mais elles sont apparues naturellement. Cependant si vous pensez qu'il existe des biais que j'ai oublié, je serai ravi d'en discuter et de les prendre en compte.

Deuxièmement, ces tendances observées pourraient coïncider totalement avec l'hypothèse selon laquelle la vaccination massive avec un vaccin imparfait n'est pas un frein à l'épidémie, mais au contraire un frein à l'immunité naturelle (ou qu'au mieux elle n'a aucun effet). Et attention, tout ceci pourrait très bien rester vrai, au niveau collectif (épidémiologique), même avec la preuve au niveau individuel (virologique) qu'un vacciné est moins susceptible de transmettre le virus. Je l'illustre avec cette petite fiction:
Soit deux pays A et B. En 2020 dans les deux pays, personne n'était vacciné. En 2021, dans le pays A on est vacciné à 90%, dans le pays B toujours pas.
Dans le pays A on observe que les non-vaccinés ont 50% de risque en plus d'être positif et autant de faire des formes graves. On se félicite du succès de la vaccination.
Cependant, entre 2020 et 2021, dans le pays A il y a eu 2x plus de cas, et dans le pays B ce chiffre est resté stable
La réalité est donc qu'un vacciné dans le pays A a presque 2x plus de risque d'être positif qu'un non-vacciné du pays B, et un non-vacciné du pays A, 3x plus de risques qu'un du pays B.
Conclusion : Tout le monde est perdant dans le pays A malgré un bénéfice pour les vaccinés à l'intérieur du pays

Une méthode intéressante pour vérifier cette hypothèse serait d'analyser à part les pays ayant opté pour une stratégie de vaccination centrée uniquement sur les personnes à risques. Cependant je n'ai pas trouvé de données à ce sujethttps://image.noelshack.com/fichiers/2018/29/6/1532128784-risitas33.png
Si ces pays sont suffisamment nombreux, on devrait observer sur le graphique des morts une avance au niveau de la vaccination par rapports aux autres pays, tout en restant stable sur le graphique du nombre de cas. Si vous avez des infos à ce sujet, je suis preneurhttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

Voilà c'est tout pour l'instant

Pour ceux qui me parlaient de la contagiosité du virus qui a augmenté. Si vous me dîtes que c'est à cause de ça, vous êtes en train de dire que la contagiosité du virus aurait plus augmenté entre 2020 et 2021 dans les pays vaccinés que dans les pays moins vaccinés. Vous vous tirez une balle dans le piedhttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/14/1491249193-risitasg16462.png

Super intéressant.

Par contre comme je disais, y'a un biais dans le fait que le nombre de morts en 2021 soit plus faible qu'en 2020. C'est que c'est une maladie létalement ciblée sur les vieux et le foyer de décès potentiels en 2021 est plus petit qu'en 2020 puisqu'il y a eu pas mal de morts entre temps (du virus et pas que d'ailleurs). Ce ne sont pas des morts indifférenciées qui touchent l'ensemble de la population mais une fraction de très vieux, c'est un groupe particulier qui diminue en taille d'années en années. Je ne sais pas dans quelle proportion ça joue.

Déjà ddb, les cliqueurs avec leur Feed a la main qui sont chaud.

le pastebin pour reposter : https://pastebin.com/MVmgdhNW (il faut le couper en deux)

Le 31 décembre 2021 à 12:21:25 :
le pastebin pour reposter : https://pastebin.com/MVmgdhNW (il faut le couper en deux)

Inutilisable kheyou

Le 31 décembre 2021 à 12:22:00 :

Le 31 décembre 2021 à 12:21:25 :
le pastebin pour reposter : https://pastebin.com/MVmgdhNW (il faut le couper en deux)

Inutilisable kheyou

Il me dit que c'est un contenu potentiellement dangereuxhttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/50/5/1513377984-risitas-deuxdoigt-pump.png
je vais chercher un autre site

Le 31 décembre 2021 à 12:24:02 :

Le 31 décembre 2021 à 12:22:00 :

Le 31 décembre 2021 à 12:21:25 :
le pastebin pour reposter : https://pastebin.com/MVmgdhNW (il faut le couper en deux)

Inutilisable kheyou

Il me dit que c'est un contenu potentiellement dangereuxhttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/50/5/1513377984-risitas-deuxdoigt-pump.png
je vais chercher un autre site

Effectivement, donner des informations n'allant pas (totalement) dans le sens du courant peut être dangereux.

Ayaaa putain, go te faire publier. Les khey qui font un meilleur travail que les journalisteshttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/44/7/1636279598-chatlunette.png

Est-ce que t'as fait une analyse en fonction de l'âge de la popation aussi ? Les pays occidentaux sont structurellement vieillissants, ce qui peut expliquer pour partie pourquoi ils subissent plus le rhume-19 en terme de mortalitéhttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/44/7/1636279598-chatlunette.png

Le 31 décembre 2021 à 12:18:49 :
Super intéressant.

Par contre comme je disais, y'a un biais dans le fait que le nombre de morts en 2021 soit plus faible qu'en 2020. C'est que c'est une maladie létalement ciblée sur les vieux et le foyer de décès potentiels en 2021 est plus petit qu'en 2020 puisqu'il y a eu pas mal de morts entre temps (du virus et pas que d'ailleurs). Ce ne sont pas des morts indifférenciées qui touchent l'ensemble de la population mais une fraction de très vieux, c'est un groupe particulier qui diminue en taille d'années en années. Je ne sais pas dans quelle proportion ça joue.

Je comprends ce que tu dis mais pour moi ça n'a pas d'impact ici. On compare l'évolution des pays entre 2020 et 2021, donc tous les pays subissent ce même biais. L'idée n'est pas de l'ignorer mais de dire que tous les pays la subissent proportionnellement de la même manière

Très intéressant, mais ta méthodologie ne te permet malheureusement pas de conclure à une efficacité des vaccins, celle-ci te permet d'établir une corrélation mais pas un lien de causalité, car il manque une variable clé : la létalité des variants sur un groupe témoins de non vaccinés ventilé par classe d'âge.

Si plus on avance dans le temps moins les variants sont létaux, la vaccination ayant été réalisée en période 2 pourrait ne pas être la cause de la baisse des décès.

Le 31 décembre 2021 à 12:06:25 :

Le 31 décembre 2021 à 12:03:43 :
Comment t'expliques que les vaccinés ont un taux d'incidence 4x inférieur dans ce cas ?
C'est juste les variants qui faussent tout tes résultats et surement pleins d'autres choses

Deuxièmement, ces tendances observées pourraient coïncider totalement avec l'hypothèse selon laquelle la vaccination massive avec un vaccin imparfait n'est pas un frein à l'épidémie, mais au contraire un frein à l'immunité naturelle (ou qu'au mieux elle n'a aucun effet). Et attention, tout ceci pourrait très bien rester vrai, au niveau collectif (épidémiologique), même avec la preuve au niveau individuel (virologique) qu'un vacciné est moins susceptible de transmettre le virus. Je l'illustre avec cette petite fiction:

Soit deux pays A et B. En 2020 dans les deux pays, personne n'était vacciné. En 2021, dans le pays A on est vacciné à 90%, dans le pays B toujours pas.
Dans le pays A on observe que les non-vaccinés ont 50% de risque en plus d'être positif et autant de faire des formes graves. On se félicite du succès de la vaccination.
Cependant, entre 2020 et 2021, dans le pays A il y a eu 2x plus de cas, et dans le pays B ce chiffre est resté stable
La réalité est donc qu'un vacciné dans le pays A a presque 2x plus de risque d'être positif qu'un non-vacciné du pays B, et un non-vacciné du pays A, 3x plus de risques qu'un du pays B.
Conclusion : Tout le monde est perdant dans le pays A malgré un bénéfice pour les vaccinés à l'intérieur du pays

Il peut y avoir pleins de raisons à cela, c'est difficile d’interpréter ce genre de donnée honnêtement.
Tu pourrais avoir raison comme tort.
Par exemple la globalisation, les pays les plus vaccinés sont les pays les plus globalisés du monde (les pays occidentaux) donc y a un trafic énorme au sein de ces pays qui du coup lorsqu'un variant bien plus contagieux apparait pourrait voir ses nombres de cas explosé plus fortement que ceux moins globalisé.
Y a aussi le vieillissement de la population.
Etc

Le 31 décembre 2021 à 12:29:22 :
Est-ce que t'as fait une analyse en fonction de l'âge de la popation aussi ? Les pays occidentaux sont structurellement vieillissants, ce qui peut expliquer pour partie pourquoi ils subissent plus le rhume-19 en terme de mortalitéhttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/44/7/1636279598-chatlunette.png

Encore une fois je me répète mais on compare des évolutions entre 2020 et 2021. Les pays avec une population vieillissante en 2021 avaient aussi une population vieillissante 2020. Elle n'a pas été impactée par la vaccination (contrairement à ce qu'auraient l'être les mesures sanitaires par exemple, si on dit que + de vaccination entraine - de restrictions sanitaires)

Le 31 décembre 2021 à 12:29:50 :
Très intéressant, mais ta méthodologie ne te permet malheureusement pas de conclure à une efficacité des vaccins, celle-ci te permet d'établir une corrélation mais pas un lien de causalité, car il manque une variable clé : la létalité des variants sur un groupe témoins de non vaccinés ventilé par classe d'âge.

Si plus on avance dans le temps moins les variants sont létaux, la vaccination ayant été réalisée en période 2 pourrait ne pas être la cause de la baisse des décès.

Les graph sur les nouveaux cas et les contaminations tendent quand même a montrer que le "tout vaccinal" n'est pas une fin en soi non ?

Après je pense qu'il ne fait nul doute que les vaccins marchent contre les formes grave. Surtout chez le public a risque.

Y'a moins de morts non pas grâce au vaccin, mais parce que le virus est moins létal.

Le 31 décembre 2021 à 12:34:33 :
Y'a moins de morts non pas grâce au vaccin, mais parce que le virus est moins létal.

Complètement faux ça, et y a des données pour le supporter.
Y a énormément d'études qui ont comparé par exemple 100.000 cas de non-vacciné contre 100.000 cas de vacciné (par âge/comorbidité/etc), et la population vacciné a bien moins de risque que celle non-vacciné.

Le 31 décembre 2021 à 12:29:50 :
Très intéressant, mais ta méthodologie ne te permet malheureusement pas de conclure à une efficacité des vaccins, celle-ci te permet d'établir une corrélation mais pas un lien de causalité, car il manque une variable clé : la létalité des variants sur un groupe témoins de non vaccinés ventilé par classe d'âge.

Si plus on avance dans le temps moins les variants sont létaux, la vaccination ayant été réalisée en période 2 pourrait ne pas être la cause de la baisse des décès.

Et c'est la raison pour laquelle bien que le vaccin ait été développé avant même l'arrivée du virus, il n'est déployé qu'à ce moment bien précis. Parce qu'il est impossible de prouver cette relation de cause à effet. Ils ont pensé à absolument TOUT.

Le 31 décembre 2021 à 12:35:51 :

Le 31 décembre 2021 à 12:34:33 :
Y'a moins de morts non pas grâce au vaccin, mais parce que le virus est moins létal.

Complètement faux ça, et y a des données pour le supporter.

Bah si, la première vague est de loin la plus mortelle, tous les scientifiques de tous bords sont d'accord pour le dire. Si consensus scientifique il y a, il est bien ici.