Née le 24 avril 19931[source insuffisante], issue d'une famille juive séfarade, Sarah Knafo suit une scolarité au lycée de l'Alliance, un établissement privé juif sous contrat, appartenant au réseau de l'Alliance israélite universelle, où elle obtient un baccalauréat en 20112. Elle déclare en 2016 : « Je suis de confession juive, mais je me sens de culture chrétienne. Chez moi, Charles Péguy est aussi important que la Torah »3.
Elle effectue une classe préparatoire économie, méthodes quantitatives et gestion au lycée Turgot mais échoue au concours d'entrée du département D2 économie-gestion de l’École normale supérieure Paris-Saclay4. Elle intègre finalement l'Institut d'études politiques de Paris en 2013 où elle est admise au sein du master affaires publiques. Elle obtient également une double licence d'économie et de science politique à l'université Panthéon-Sorbonne en 20145,6.
En 2017, Sarah Knafo est reçue au concours d'entrée de l'École nationale d'administration (ENA), intégrant la promotion Molière (2018-2019)7