Se qualifiant de « petit agitateur anticolonialiste au Quartier latin », il est à la tête de l'association des étudiants réunionnais, où il se lie d'amitié avec le Tunisien Mohamed Masmoudi et des futurs chefs khmers rouges Saloth Sâr (plus connu ensuite sous le nom de Pol Pot) et Khieu Samphân, dont il reconnait avoir « participé, dans un certain sens, à la politisation »11,2. Proche de la Fédération des étudiants d'Afrique noire en France, il y soutient, à l'occasion de son 5e congrès, en décembre 1954, dans un débat qui l'oppose au député sénégalais Senghor, l'unité et l'internationalisme dans la lutte pour l'indépendance plutôt que la création d'organes législatifs dans chaque colonie et remporte le soutien de l'association12. Le jeune avocat demande au PCF et au PSU de s'occuper d'affaires en Algérie.
Il milite pour le Front de libération nationale (FLN) et défend leurs combattants, se voyant ainsi surnommé « Mansour » (« le victorieux »)13. Il est notamment l'avocat de l'emblématique Djamila Bouhired, militante du FLN capturée par les parachutistes français, torturée puis jugée et condamnée à mort pour attentat à la bombe durant la bataille d'Alger, notamment au Milk-Bar (cinq morts et soixante blessés, dont beaucoup de civils). Il écope d'un an de suspension pour indiscipline14 en 19612 et réchappe d'une tentative d'assassinat15. Sa cliente devient pour quelques années son épouse16 et ils ont deux enfants : Meriem (née en 1967) et Liess (né en 1969)note 3 ; il se convertit également à l'islam17. Il quitte le PCF en 1957, jugeant le parti « trop tiède » sur la question algérienne3.
À l'indépendance de l'Algérie, en 1962, Jacques Vergès s'installe à Alger, prend la nationalité algérienne18 et devient le chef de cabinet du ministre des Affaires étrangères. Il fonde alors une revue tiers-mondiste financée par le FLN, Révolution africaine. Jacques Vergès rencontre Mao Zedong en mars 1963 et se rallie très rapidement aux thèses maoïstes. Il est alors destitué de ses fonctions et doit rentrer à Paris. Au mois de septembre, il crée une nouvelle revue, Révolution, qui est alors le premier journal maoïste publié en France. En 1965, la destitution du président Ben Bella permet à Jacques Vergès de rentrer en Algérie. Il met fin alors à la revue Révolution. Il est avocat à Alger jusqu'en 1970.