Libria, 2070. Le monde a vécu un terrible holocauste nucléaire. Les survivants, atterrés par leur propre déchéance, ont cherché à trouver un remède à l'inhumanité de l'homme envers l'homme. D'aucuns pensèrent alors que ce qui conduit l'homme à ces extrémités est sa faculté émotionnelle, sa capacité à ressentir, à désirer, à haïr.
Ils proposèrent alors un remède simple mais efficace contre ce mal : le « prozium ».
Le prozium est une substance puissante qui a pour effet de neutraliser les sentiments, de ne plus permettre à la haine, à la violence ni à la colère d'exister… tout comme les nobles sentiments qui ne peuvent plus s'exprimer. Ainsi, amour, passion, joie, tristesse et toutes les autres formes de sentiments existants ont été « sacrifiés » pour permettre à la société de vivre en harmonie, en paix.
Ce prozium, que tous prennent désormais sans réfléchir, dans un automatisme extrême, a permis à une société pseudo-religieuse de s'installer. Ainsi, il existe une vraie société hiérarchisée autour de l'ordre des Tetra-Grammatons dont la tête est « le Père » et dont la main exécutive, les soldats de l'ordre, sont les « recteurs Grammatons » ou « ecclésiastes ».
Ces ecclésiastes sont formés à la détection et l'éradication des déviants émotionnels (des rebelles qui refusent de prendre leur prozium ou qui osent avoir des sentiments et protègent des œuvres d'art — des tableaux, des livres proscrits par les Tetra-Grammatons). Ils ont, pour les aider dans leur tâche, développé un art martial d'une terrible efficacité : le « gun-kata » (kata des armes à feu) qui leur permet d'être bien plus efficaces et meurtriers que tout autre belligérant tout en restant statistiquement en dehors des trajectoires les plus fréquentes de ripostes, ce qui leur permet de juguler la montée des rebelles, et même de les affaiblir, voire de les faire disparaître à courte échéance.
Au cours de l'éradication d'un groupe de rebelles, John Preston (Christian Bale), le plus haut gradé et le plus doué des Ecclésiastes Grammaton, s'aperçoit que son coéquipier Partridge (Sean Bean) montre quelques signes d'une possible déviance émotionnelle. En parfait Ecclésiaste Grammaton, Preston le dénonce à son supérieur DuPont (Angus Macfadyen) et se charge de l'éliminer. Mais cet évènement le perturbe quelque peu, malgré le prozium.
Preston se retrouve alors avec un nouveau coéquipier, Brandt (Taye Diggs), et tout recommence comme avant… ou presque. Puis, un jour, Preston casse par maladresse son ampoule de prozium et ne parvient pas à s'administrer sa dose à temps. Il commence alors à ressentir des émotions. Mais étant premier des ecclésiastes Grammaton, il ne peut pas le montrer sous peine de mort. Les sentiments qui l'assaillent — depuis qu'il a refusé de prendre sa dose — commencent à le pousser à la révolte contre le système.
C'est alors que le Père (Sean Pertwee) décide de lancer la destruction totale et définitive de tous les déviants émotionnels...