Cofeelake21
2021-07-27 11:43:01
Eh oui les golems vite ma 4e et 5 e dose
https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/07/08/covid-19-alpha-beta-gamma-delta-epsilon-lemergence-sans-fin-des-variants/
Variant Epsilon, identifié en Californie
Rapporté pour la première fois en 2021 en Californie, un autre variant, dénommé CAL.20C (appartenant aux lignages B.1.427 et B.1.429), inquiète les scientifiques. En mai dernier, ce variant « californien » avait été détecté dans plusieurs états aux États-Unis ainsi que dans 34 autres pays.
Ce variant est notamment porteur de trois mutations dans la protéine spike : S131 située dans une région codant le peptide signal, W152C au niveau du domaine NTD et L452R dans le domaine RBD. L’analyse de l’horloge moléculaire indique que les lignages B.1.427 et B.1.429 ont émergé en juin-juillet 2020.
Dans un article paru le 1er juillet dans la revue Science, des chercheurs américains ont rapporté de nouvelles données sur ce variant B.1.427/B.1.429, récemment rebaptisé Epsilon. Leur étude montre que les trois mutations présentes dans la protéine spike réduisent la capacité neutralisante des anticorps induits par l’infection naturelle et de ceux produits après vaccination. Les chercheurs ont utilisé des pseudovirus (un virus différent du SARS-CoV-2 mais porteur à sa surface d’une protéine spike renfermant les mêmes mutations que le variant Epsilon).
Il s’avère que, par rapport à la souche classique circulante (D614G), le variant Epsilon est 2,4 fois moins neutralisé par les anticorps produits à la suite d’une vaccination par le vaccin Moderna et 2,3 fois moins par ceux générés par le vaccin Pfizer/BioNtech. De même, la capacité neutralisante des anticorps contenus dans le plasma de patients Covid-19 convalescents exposés au virus début 2020 est 3,4 fois moins importante vis-à-vis du variant Epsilon que vis-à-vis de la souche de référence D614G. Cette réduction de l’activité est du même ordre de grandeur que celle observée avec les variants Beta (4,4 fois inférieure) et Gamma (3,3 fois inférieure).
Par ailleurs, la mutation L452R réduit l’activité neutralisante de nombreux anticorps monoclonaux spécifiques du domaine RBD. Les résultats présentés par Matthew McCallum, Davide Corti, David Veesler et leurs collègues de l’université de Washington à Seattle montrent également que les mutations S131 et W152C sont conjointement responsables de l’échappement immunitaire vis-à-vis d’anticorps spécifiquement dirigés contre le domaine NTD.
Les chercheurs estiment que le variant Epsilon pourrait, à l’instar des variants Beta (sud-africain) et Alpha (anglais), acquérir la mutation supplémentaire E484K. De même, ajoutent-ils, les mutations S131 et W152C présentes dans Epsilon pourraient émerger dans d’autres variants. Et de souligner à ce propos que la mutation S131 a été identifiée dans un nouveau variant, B.1.526, initialement décrit à New York et qu’il convient maintenant d’appeler Iota.
Variant « péruvien » Lambda
Passons maintenant au variant Lambda, majoritaire au Pérou, pays en cinquième position pour le nombre de morts (192 000), après les États-Unis (plus de 600 000), le Brésil (plus de 518 000 morts), l’Inde (399 000) et le Mexique (233 000). Ce variant, jusqu’à présent désigné C.37, a été d’abord détecté en décembre 2020 à Lima (Pérou), avant de diffuser en Argentine, en Equateur, au Chili, au Brésil, en Colombie, ainsi qu’au Mexique, aux États-Unis, en Espagne, Allemagne et Israël.
Ce variant Lambda était présent dans plus de 20,5 % des prélèvements sur la base de données de séquençage en janvier 2021, 36 % en février, 79 % en mars. En avril dernier, il représentait 97 % des séquences génomiques rapportées au Pérou.
Ce variant est caractérisé par une nouvelle délétion (Δ247-253) localisée dans le domaine NTD. Il renferme également six mutations dans le gène codant la protéine spike, dont deux mutations (L452Q et F490S) se situent dans le domaine RBD.
La mutation L452Q est quasi exclusivement trouvée dans ce variant Lambda. Elle est associée à une affinité plus importante pour le récepteur cellulaire ACE2. Une mutation différente, L452R, mais située à cette même position 452 est présente dans le variant préoccupant Delta et le variant d’intérêt Epsilon. Ce variant Lambda renferme par ailleurs une délétion (Δ3675-3677 dans le gène ORF1a), également retrouvée dans les variants préoccupants Alpha, Beta et Gamma.
Publiée le 3 juillet sur le site bioRxiv, une étude américaine indique que le variant Lambda est, par rapport à la souche de référence D614G, 3,3 fois moins neutralisé par le plasma de sujets Covid-19 convalescents. De même, la capacité neutralisante des anticorps produits après administration du vaccin Pfizer est 3 fois inférieure, alors que celle des anticorps développés après vaccination par le vaccin Moderna est 2,3 fois inférieure. Cette résistance partielle aux vaccins du variant Lambda est due aux mutations L452Q et F490S.
Des résultats similaires ont été obtenus par une équipe chilienne. Mis en ligne le 1er juillet sur le site de prépublication bioRxiv, ils indiquent que les mutations présentes dans la protéine spike du variant Lambda lui confèrent une capacité d’échappement aux anticorps neutralisants produits après vaccination avec le vaccin inactivé chinois CoronaVac.
Depuis le 15 juin, le variant Lambda est considéré comme un variant d’intérêt par l’OMS, une classification qui pourrait cependant évoluer d’autant que la propagation de ce variant en Amérique du Sud s’est produite alors que circulent des centaines de lignages viraux différents ainsi que les variants préoccupants Alpha (anglais) et Gamma (brésilien). Il progresse également en Europe où il est détecté dans 9 pays, dont la France.