[410] Stratégie vaccinale : une analyse COMPARATIVE (pourrait vous surprendre)

Y a beaucoup trop de transformations sur les chiffres.
Nous ce qu'on veut, c'est le taux de mortalité des moins de 30 ans en 2021 vs 2018.

Le 31 décembre 2021 à 12:56:35 :
Y a beaucoup trop de transformations sur les chiffres.
Nous ce qu'on veut, c'est le taux de mortalité des moins de 30 ans en 2021 vs 2018.

tu connais déjà la réponse ....
on est en plein délire c'est pas dur à comprendre

Le 31 décembre 2021 à 12:54:16 :

Le 31 décembre 2021 à 12:38:07 :

Le 31 décembre 2021 à 12:36:37 :

Le 31 décembre 2021 à 12:35:51 :

Le 31 décembre 2021 à 12:34:33 :
Y'a moins de morts non pas grâce au vaccin, mais parce que le virus est moins létal.

Complètement faux ça, et y a des données pour le supporter.

Bah si, la première vague est de loin la plus mortelle, tous les scientifiques de tous bords sont d'accord pour le dire. Si consensus scientifique il y a, il est bien ici.

Tu confonds tout.
Oui elle était plus mortelle, mais le vaccin aide beaucoup aujourd'hui.
Suffit de voir les études comparatif entre vacciné vs non-vacciné, les vaccinés ont bien moins de risque.

sauf que vaccin imparfait .... il faut voir l'évolution dans le temps

Risque accru d'infection par le SRAS-CoV-2 Omicron par rapport à Delta chez les personnes vaccinées et précédemment infectées, Pays-Bas, du 22 novembre au 19 décembre 2021
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.20.21268121v1

les + vaxx commencent à s'interroger ...

Israël : la quatrième dose du vaccin anti-Covid suspendue
https://www.lesechos.fr/monde/afrique-moyen-orient/israel-la-quatrieme-dose-du-vaccin-anti-covid-suspendue-1375396

Mouai, j'ai déjà vu pleins de conneries en début de nouvelle vague / nouveau variant qui s'est avéré faux par la suite (que ce soit pro-vax ou anti-vax), on verra ce que ça dit par la suite avec plus d'études et plus de donnée.
Par contre y a strictement aucun rapport avec que j'ai dit.

Je up ce travail colossal

Deuxièmement, ces tendances observées pourraient coïncider totalement avec l'hypothèse selon laquelle la vaccination massive avec un vaccin imparfait n'est pas un frein à l'épidémie, mais au contraire un frein à l'immunité naturelle (ou qu'au mieux elle n'a aucun effet).

Les pays qui ont le plus vacciné sont aussi ceux qui ont augmenté les mesures restrictives. Tu ne peux donc pas conclure que le vaccin empêche l'immunité naturelle car ça pourrait être dû aux mesures restrictives. Peut-être qu'une bonne stratégie pour avoir et immunité vaccinale, et immunité naturelle aurait été de vacciner en masse sans restriction pour laisser le virus circuler

Une idée de l'effet de la densité de population? Ou plus précisément du % d'habitants urbains dans un pays? Les virus semblent se propager plus vite dans les métropoles densément peuplées, donc peut être que les pays ayant la majorité de leur population dans des métropoles montrent plus de cas à cause de la densité dans ces zones?

De toute façon, les pays les plus riches sont ceux qui vaccinent le plus et ceux qui ont le plus de métropoles donc pas facile de démêler les 3. Si tu peux m'envoyer tes données brutes en mp, je peux essayer de les compléter et faire ensuite des régression pour vérifier la part de variance expliquée par ces variableshttps://image.noelshack.com/fichiers/2016/41/1476642572-picsart-10-16-08-25-48.png

Oui elle était plus mortelle, mais le vaccin aide beaucoup aujourd'hui.

aujourd'hui .... mais demain ?

17.12.2021
Striking Antibody Evasion Manifested by the Omicron Variant of SARS-CoV-2
Evasion frappante des anticorps manifestée par la variante Omicron du SRAS-CoV-2

La variante Omicron présente une menace sérieuse pour de nombreux vaccins et thérapies COVID-19 existants, obligeant le développement de nouvelles interventions qui anticipent la trajectoire évolutive du SRAS-CoV-2.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.472719v2?s=09

15.12.2021
Considerable escape of SARS-CoV-2 variant Omicron to antibody neutralization
Échappement considérable du variant Omicron du SRAS-CoV-2 à la neutralisation des anticorps

Les sérums de vaccinés Pfizer ou AstraZeneca, échantillonnés 5 mois après la vaccination complète, ont à peine inhibé Omicron.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.472630v1?s=09

L'auteur quelques données à ajouter :
La température, il faudrait trouver pour chaque pays l'évolution des t° et vérifier si cela a un impact sur les cas

Ajouter l'indice de développement d'infrastructures, en prenant la belgique comme référence de "tout ce qui profite au virus", à savoir : densité de pop élevée, réseau très dense, quasi que de la ville partout, l'habitude de la "bise", la présence d'autres pays à côté avec des étudiants (15% des étudiants sont étrangers), sans parler des travailleurs frontaliers, détachés, la proportion de vieux dans la population, etc.

Le 31 décembre 2021 à 13:04:15 :

Oui elle était plus mortelle, mais le vaccin aide beaucoup aujourd'hui.

aujourd'hui .... mais demain ?

17.12.2021
Striking Antibody Evasion Manifested by the Omicron Variant of SARS-CoV-2
Evasion frappante des anticorps manifestée par la variante Omicron du SRAS-CoV-2

La variante Omicron présente une menace sérieuse pour de nombreux vaccins et thérapies COVID-19 existants, obligeant le développement de nouvelles interventions qui anticipent la trajectoire évolutive du SRAS-CoV-2.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.472719v2?s=09

15.12.2021
Considerable escape of SARS-CoV-2 variant Omicron to antibody neutralization
Échappement considérable du variant Omicron du SRAS-CoV-2 à la neutralisation des anticorps

Les sérums de vaccinés Pfizer ou AstraZeneca, échantillonnés 5 mois après la vaccination complète, ont à peine inhibé Omicron.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.472630v1?s=09

En lisant entre les lignes ça dit que l'efficacité est remis à en question, et non pas qu'un risque est accru.

Le 31 décembre 2021 à 13:06:19 :

Le 31 décembre 2021 à 13:04:15 :

Oui elle était plus mortelle, mais le vaccin aide beaucoup aujourd'hui.

aujourd'hui .... mais demain ?

17.12.2021
Striking Antibody Evasion Manifested by the Omicron Variant of SARS-CoV-2
Evasion frappante des anticorps manifestée par la variante Omicron du SRAS-CoV-2

La variante Omicron présente une menace sérieuse pour de nombreux vaccins et thérapies COVID-19 existants, obligeant le développement de nouvelles interventions qui anticipent la trajectoire évolutive du SRAS-CoV-2.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.472719v2?s=09

15.12.2021
Considerable escape of SARS-CoV-2 variant Omicron to antibody neutralization
Échappement considérable du variant Omicron du SRAS-CoV-2 à la neutralisation des anticorps

Les sérums de vaccinés Pfizer ou AstraZeneca, échantillonnés 5 mois après la vaccination complète, ont à peine inhibé Omicron.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.14.472630v1?s=09

En lisant entre les lignes ça dit que l'efficacité est remis à en question, et non pas qu'un risque est accru.

non, mais on boucle .... à qui profite le crime ?

Il y a un biais je pense dans l'évolution du taux de positivité. L'introduction du pass sanitaire a poussé des personnes réfractaires à la vaccination à aller se faire tester plus qu'avant pour profiter du pass sanitaire. Il en va de même avec la reprise du trafic aérien où, même vacciné, certains pays exigent un test négatif.

Topax d'utilité mondiale.
Épingle serait le minimum et diffusion tout médias confondus le bonus

Bravo kheyou ça fait plaisir de voir des topics comme le tien !
Et chapeau pour le boulot

Le 31 décembre 2021 à 13:39:38 :
Topax d'utilité mondiale.
Épingle serait le minimum et diffusion tout médias confondus le bonus

Bravo kheyou ça fait plaisir de voir des topics comme le tien !
Et chapeau pour le boulot

Ouai enfin un resumé + simplification avec un truc clair avant serait mieux. Le post de base de l'op est limite incompréhensible pour le bot de base, personne va lire.

Je reposte la partie 2 qui a été 410:

A partir de là, certains pourraient me dire : "Ouii mais c'est normal, les pays les plus vaccinés sont les pays riches, donc ceux qui testent le plus et qui détectent donc plus de cas". Sauf que, encore une fois, c'est une évolution relative qu'on mesure: les pays qui testent beaucoup en 2021 ont aussi beaucoup testé en 2020, et donc en proportion d'une année sur l'autre, il n'y a pas de corrélation entre la richesse du pays et l'évolution du nombre de test(encore que si on veut en chercher une elle est plutôt dans l'autre sens)
MAIS SOIT, on peut tout de même vérifier tout ceci en remplaçant le nombre de cas par le taux de positivité (% de cas positif parmi les testés)
On obtient ce graphe :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640901406-fig8-3-personnalise.png
Il y a un peu moins de données car moins de pays fournissent cette donnée, mais la tendance observée sur le nombre de cas semble être confirmée.https://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

Et enfin, plus encourageant, on peut également répéter l'analyse pour le nombre de morts :https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/4/1640901406-fig8-2-personnalise.png
Cette fois ça a l'air de descendre légèrement, ce qui est plutôt rassurant car c'est ce qu'on devrait s'attendre à observe, et qu'on n'observe pas pour le nombre de cas.
Attention cependant à ne pas se faire piéger par l'échelle semi-logarithmique, pour cela on va essayer de quantifier cette tendance de manière un peu plus précise: on va appliquer une régression exponentielle, pondérée par la population de chaque pays, et en excluant les pays qu'on avait marqué d'une croix (souvenez-vous)

Je vous passe les détails ici, voici les résultats obtenus sur les 3 analyses précédentes:https://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg
https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640939208-new-cases-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640939208-positivity-rate-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640939208-deaths-personnalise.png

Ca colle plutôt bien aux données !https://image.noelshack.com/fichiers/2019/22/5/1559256008-marsu.png

• Nouveaux cas: exp(0.00556*x + 0.495)
• Taux de positivité: exp(0.00229*x - 0.232)
• Morts : exp(-0.0103*x + 1.037)

• Nouveaux cas: +5% de cas tous les 10% de vaccination en plus(+5% par rapport au nombre de cas avec 10% de vaccination en moins)
• Taux de positivité: +2,5% tous les 10% de vaccination en plus(pareil, pas +2,5% en brut, mais c'est le taux qui augment de 2,5%. Par exemple si on était à 10%, on passe à 10,25%
• Morts : -10% tous les 10% de vaccination en plusidem

J'ai regroupé également les résultats continents par continent, le cas de l'Europe est plutôt intéressant:
Pour les nouveaux cas :
https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-europe-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-north-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-south-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-africa-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-asia-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942438-new-cases-oceania-personnalise.png
Pour le taux de positivité :
https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-europe-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-north-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-south-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-africa-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-asia-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942659-positivity-rate-oceania-personnalise.png
Pour les morts :
https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-europe-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-north-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-south-america-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-africa-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-asia-personnalise.pnghttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640942783-deaths-oceania-personnalise.png

Mais alors au final, que peut-on CONCLURE de tout ça ?https://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

Peut-on vraiment dire que la vaccination réduit le nombre de décès en même temps qu'elle augmente le nombre de cas, au global dans la population ?
Pour ma part je suis assez confiant pour dire que oui . Je m'expliquehttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

Premièrement les tendances observées semblent correspondre avec les hypothèses qu'on pouvait établir a priori. En effet, avec la même méthode d'analyse , on observe une tendance opposée entre le nombre de cas et de morts, mais également en parallèle une tendance similaire entre le nombre de cas et le taux de positivité. Je n'ai pas orienté la sélection des données pour faire ressortir des tendances particulières, mais elles sont apparues naturellement. Cependant si vous pensez qu'il existe des biais que j'ai oublié, je serai ravi d'en discuter et de les prendre en compte.

Deuxièmement, ces tendances observées pourraient coïncider totalement avec l'hypothèse selon laquelle la vaccination massive avec un vaccin imparfait n'est pas un frein à l'épidémie, mais au contraire un frein à l'immunité naturelle (ou qu'au mieux elle n'a aucun effet). Et attention, tout ceci pourrait très bien rester vrai, au niveau collectif (épidémiologique), même avec la preuve au niveau individuel (virologique) qu'un vacciné est moins susceptible de transmettre le virus. Je l'illustre avec cette petite fiction:
Soit deux pays A et B. En 2020 dans les deux pays, personne n'était vacciné. En 2021, dans le pays A on est vacciné à 90%, dans le pays B toujours pas.
Dans le pays A on observe que les non-vaccinés ont 50% de risque en plus d'être positif et autant de faire des formes graves. On se félicite du succès de la vaccination.
Cependant, entre 2020 et 2021, dans le pays A il y a eu 2x plus de cas, et dans le pays B ce chiffre est resté stable
La réalité est donc qu'un vacciné dans le pays A a presque 2x plus de risque d'être positif qu'un non-vacciné du pays B, et un non-vacciné du pays A, 3x plus de risques qu'un du pays B.
Conclusion : Tout le monde est perdant dans le pays A malgré un bénéfice pour les vaccinés à l'intérieur du pays

Une méthode intéressante pour vérifier cette hypothèse serait d'analyser à part les pays ayant opté pour une stratégie de vaccination centrée uniquement sur les personnes à risques. Cependant je n'ai pas trouvé de données à ce sujethttps://image.noelshack.com/fichiers/2018/29/6/1532128784-risitas33.png
Si ces pays sont suffisamment nombreux, on devrait observer sur le graphique des morts une avance au niveau de la vaccination par rapports aux autres pays, tout en restant stable sur le graphique du nombre de cas. Si vous avez des infos à ce sujet, je suis preneurhttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/03/1485021244-risicours.jpg

Voilà c'est tout pour l'instant

La sweet ? Je sauvegarde la pavé gg kheyou

ayaoao gg pour l'analyse Rhttps://image.noelshack.com/fichiers/2017/13/1490886827-risibo.png

mais rien de nouveau sous le soleil pour les "complotistes" (par contre pour les BOT GELREM, ça risque de les faire bugger)https://image.noelshack.com/fichiers/2017/13/1490886827-risibo.png

edit : ah non t'as fait ça en python

ç'aurait été plus simple avec R

Le 31 décembre 2021 à 13:03:31 :
Je up ce travail colossal

Deuxièmement, ces tendances observées pourraient coïncider totalement avec l'hypothèse selon laquelle la vaccination massive avec un vaccin imparfait n'est pas un frein à l'épidémie, mais au contraire un frein à l'immunité naturelle (ou qu'au mieux elle n'a aucun effet).

Les pays qui ont le plus vacciné sont aussi ceux qui ont augmenté les mesures restrictives. Tu ne peux donc pas conclure que le vaccin empêche l'immunité naturelle car ça pourrait être dû aux mesures restrictives. Peut-être qu'une bonne stratégie pour avoir et immunité vaccinale, et immunité naturelle aurait été de vacciner en masse sans restriction pour laisser le virus circuler

Une idée de l'effet de la densité de population? Ou plus précisément du % d'habitants urbains dans un pays? Les virus semblent se propager plus vite dans les métropoles densément peuplées, donc peut être que les pays ayant la majorité de leur population dans des métropoles montrent plus de cas à cause de la densité dans ces zones?

De toute façon, les pays les plus riches sont ceux qui vaccinent le plus et ceux qui ont le plus de métropoles donc pas facile de démêler les 3. Si tu peux m'envoyer tes données brutes en mp, je peux essayer de les compléter et faire ensuite des régression pour vérifier la part de variance expliquée par ces variableshttps://image.noelshack.com/fichiers/2016/41/1476642572-picsart-10-16-08-25-48.png

Le code (python) : https://pastebin.com/AxnqUtfL
Le site pour télécharger les données : https://github.com/owid/covid-19-data/tree/master/public/data/
Il suffit de télécharger le csv du jour et le placer à côté du programme en le renommant avec la date du jour (ex: covid-data-30-12-2021.csv)

Mais encore une fois ici on compare entre elles les évolutions de chaque pays par rapport à lui-même en 2020. Les pays très denses en 2021 l'étaient déjà en 2020 et donc on ne devrait pas ressentir de différence d'évolution entre 2020 et 2021

le plus gros biais que je vois dans ton étude ( qui est interessante) , c'est de partir du principe que le variant de Mars 2020 et le Delate de 2021 seraient de la meme dangerosité , ne laissant comme cause possible de l'évolution des cas (et des morts ) le taux de vaccination . Et ça c'est un biais énorme je suis désolé , sachant que les variants ne touchent pas tous les pays au meme moment . ( variant "Zero" touchait Wuhan en Janvier alors qu'il n'était aps arrivé en France )

Le 31 décembre 2021 à 14:10:44 :
le plus gros biais que je vois dans ton étude ( qui est interessante) , c'est de partir du principe que le variant de Mars 2020 et le Delate de 2021 seraient de la meme dangerosité , ne laissant comme cause possible de l'évolution des cas (et des morts ) le taux de vaccination . Et ça c'est un biais énorme je suis désolé , sachant que les variants ne touchent pas tous les pays au meme moment . ( variant "Zero" touchait Wuhan en Janvier alors qu'il n'était aps arrivé en France )

Je le répète encore une fois, si vous me dîtes que c'est à cause des variants, vous êtes en train de dire que la contagiosité du virus aurait plus augmenté entre 2020 et 2021 dans les pays vaccinés que dans les pays moins vaccinés.

Le 31 décembre 2021 à 13:19:38 :
Il y a un biais je pense dans l'évolution du taux de positivité. L'introduction du pass sanitaire a poussé des personnes réfractaires à la vaccination à aller se faire tester plus qu'avant pour profiter du pass sanitaire. Il en va de même avec la reprise du trafic aérien où, même vacciné, certains pays exigent un test négatif.

C'est intéressant ce que tu dis, je vais essayer de faire apparaitre le nombre de tests on va voir ce que ça donne

Le 31 décembre 2021 à 14:14:51 :

Le 31 décembre 2021 à 14:10:44 :
le plus gros biais que je vois dans ton étude ( qui est interessante) , c'est de partir du principe que le variant de Mars 2020 et le Delate de 2021 seraient de la meme dangerosité , ne laissant comme cause possible de l'évolution des cas (et des morts ) le taux de vaccination . Et ça c'est un biais énorme je suis désolé , sachant que les variants ne touchent pas tous les pays au meme moment . ( variant "Zero" touchait Wuhan en Janvier alors qu'il n'était aps arrivé en France )

Je le répète encore une fois, si vous me dîtes que c'est à cause des variants, vous êtes en train de dire que la contagiosité du virus aurait plus augmenté entre 2020 et 2021 dans les pays vaccinés que dans les pays moins vaccinés.

j'ai bien compris ,
mais je dis que comparer un variant A en France en 2020 et un Variant C en france en 2021 est legit , mais que comparer cette evolution au meme variant A en Argentine 2020 avec un autre variant F en 2021 sur la seule base d'un taux de vaccination / contamination n'a plus de sens ( si on omet le facteur dangerorisé / gravité du variant)

Le 31 décembre 2021 à 14:16:49 :

Le 31 décembre 2021 à 13:19:38 :
Il y a un biais je pense dans l'évolution du taux de positivité. L'introduction du pass sanitaire a poussé des personnes réfractaires à la vaccination à aller se faire tester plus qu'avant pour profiter du pass sanitaire. Il en va de même avec la reprise du trafic aérien où, même vacciné, certains pays exigent un test négatif.

C'est intéressant ce que tu dis, je vais essayer de faire apparaitre le nombre de tests on va voir ce que ça donne

Voilà ce que ça donne avec l'évolution du nombre de tests par pays:https://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640957260-new-cases.png
On a en gros 5 pays d'Europe qui ont vraiment augmenté le nombre de tests entre 2020 et 2021, sinon tous les autres sont à peu près stableshttps://image.noelshack.com/fichiers/2021/52/5/1640957265-new-cases-europe.png
Et ensemble ils ne semblent pas être au dessus de la moyenne générale