Ramsès II serait mort à plus de 90 ans et souffrait avant sa mort d'athérosclérose, d'arthrose et d'une maladie rhumatologique, la spondylarthrite ankylosante. Il est aussi probable qu'il soit mort de vieillesse, vu son grand âge34.
La déformation du cou lié à sa maladie aurait obligé les embaumeurs à fracturer volontairement ses vertèbres cervicales afin de mettre sa tête en position horizontale.