Peut-être, ça va swinguer
J'ai une synostose radio-cubitale (unilatérale, découverte vers 11 ans après une radio, invisible au quotidien car articulation mineure sauf si on me demande d'accomplir une tâche bien spécifique qui arrive une fois par an, le problème n'est pas vraiment là)
350 cas rapportés dans la littérature
Je suspecte fortement que ça fasse partie d'un syndrome génétique car cette malformation est typique d'anomalies génétiques, de plus récemment mon frère a découvert qu'il avait la même chose à un doigt avec une radio par hasard
J'ai décidé il y a quelques années de faire plein d'examens pour voir s'il y a d'autres malformations (hors osseuses)
IRM cérébral (sans contraste iodé) : normal
Scanner cérébral (sans contraste iodé) : normal
Échocardiographie avec echo-doppler + examen des artères jusqu'au torse : normal
Échographie de la rein, du foie et de la rate : normal
Électrocardiogramme : normal
Dosage de l'hémoglobine : normal
J'ai reséquencé mon génome en entier avec une qualité exceptionnelle, je l'ai déjà actuellement en 30X, bientôt je l'aurais en 130X
Voici la liste des gènes candidats, rapportés dans des études pour avoir été liés à des synostoses radio-cubitales :
SKI
NFIA
SLC25A24
TBX15
SF3B4
EFNA4
CENPF
COLEC11
WDR35
AFF3
CKAP2L
RNU4ATAC
TTN
IHH
WNT7A
FLNB
IFT122
ZIC1
MECOM
MASP1
FGFR3
FGF10
PITX1
MSX2
B4GALT7
RAB23
MAP3K7
TWIST1
HOXA11
GLI3
POR
SEMA3E
SMO
LMBR1
ESCO2
FGFR1
BPNT2
CHD7
SULF1
GDF6
PTDSS1
VPS13B
RAD21
COLEC10
RECQL4
IL11RA
PIGO
NTRK2
CHST3
KAT6B
FGFR2
PHF21A
LRP4
B3GAT3
KRAS
RASSF8
KMT2D
FGF9
GPC6
SMOC1
IFT43
GSC
MAGEL2
TCF12
HERC1
SMAD6
CHSY1
SRCAP
CDH11
DHODH
MAF
BHLHA9
DPH1
RPL26
MYH3
FZD2
EFTUD2
NOG
TBX4
CANT1
PIEZO2
RBBP8
SETBP1
LONP1
DOCK6
ACP5
ERF
MEGF8
GDF5
SALL4
DONSON
RIPK4
CDC45
SCARF2
SPECC1L
FBLN1
SHOX
BCOR
HUWE1
EFNB1
FGF16
TBX22
Une attention particulière sera portée aux gènes FGF9, GDF5 et NOG
Phase 1 : match avec la base de données de ClinVar avec les 104 gènes référencés
Phase 2 : si tout est négatif, FGF9, GDF5 et NOG seront analysés à la recherche de mutations non référencées jusqu'ici, et donc très probablement pathogéniques
Phase 3 : si rien de flagrant n'est encore découvert, le 104 autres gènes seront analysées aussi de la même façon afin de détecter des variants non référencés
Phase 4 : si tout cela s'est révélé infructueux, il y aura un match en utilisant la base de données de ClinVar pour plus de 600 maladies génétiques et 4000 variants référencés comme pathogènes
Phase 5 : rematch avec la DB de ClinVar, en abaissant le niveau de "pathogenic" à "likely pathogenic"
Phase 6 : analyse de toutes les variations de mon génome à une fréquence d'apparition extrêmement rare (en comparant avec la DB de gnomAD, contenant environ 15 700 génomes complets et 150 000 exomes / parties codantes)
Phase 7 : repérage de tous les variants avec un score REVEL supérieur à 0.7 (pour les mutations de faux-sens)
Phase 8 : en cas de résultats négatifs, tout le génome sera analysé à la recherche de variants structuraux (SV) supérieurs à 50 paires de bases
Phase 9 : si tout s'est révélé infructueux, ce que je juge assez improbable, je pourrais attendre que d'autres publications soient réalisées découvrant d'autres mutations, ou faire mes propres GWAS en trouvant des gens avec le même phénotype (j'ai trouvé un reddit r/radioulnarsynostosis), même s'il est peu probable que j'aille le faire
Que pensez-vous de mon plan ?
Avez-vous des questions ?
Une fois la mutation identifiée, que je suspecte fortement d'être FGF9, GDF5 ou NOG, je confirmerais les effets de la mutation des une souris génétiquement modifiées en utilisant CRISPR/Cas9 pour voir s'il y a des synostoses
Soit en passant commande auprès d'un laboratoire pour le faire à distance, soit directement chez moi, je verrais ce qui est le plus simple, l'ARN guide ne coûte vraiment pas cher, environ 80€
Exemple ici https://www.synthego.com/products/crispr-kits/synthetic-sgrna
Cela peut faire parti d'un syndrome plus large, ou être le syndrome des synostoses multiples, très rare et avec plusieurs types différents rapportés dans la littérature, mais qui se transmet toujours de façon autosomique dominant (ce qui est clairement le cas dans mon cas) ; SYNS1 ; SYNS2 ; SYNS3 ; SYNS4
Le phénotype peut être très variable d'une personne à l'autre, mais il y a quand même une forte pénétrance des gènes et la plupart des personnes avec une mutation de ce gène auront au moins une synostose